Der deutsche Arzt, Apotheker und Chemiker Samuel Hahnemann (1755-1843) stand den Behandlungsmethoden seiner Zeit kritisch gegenüber. Aderlass, Schröpfen und das Verabreichen von Substanzen waren ihm zu willkürlich. Deshalb hörte er vorübergehend mit der praktischen Tätigkeit als Arzt auf und entwickelte anhand zahlreicher Versuche an Freunden, an Angehörigen und an sich selbst eine neue Medizinlehre. Am bekanntesten ist sein Selbstversuch 1790 mit Chinarinde: Die Einnahme löste bei ihm die Symptome einer Malaria aus – dasselbe Krankheitsbild also, das normalerweise mit Chinarinde behandelt wurde. Aus seinen Erkenntnissen formulierte er das Ähnlichkeitsprinzip „Similia similibus curentur“ (Ähnliches werde durch Ähnliches geheilt), welches noch heute in der Homöopathie Anwendung findet. Im Jahr 1810 erschien sein Hauptwerk „Organon der rationellen Heilkunde“, ab der 2. Auflage unter dem Titel „Organon der Heilkunst“, in dem er in 294 Paragraphen die Grundsätze der Homöopathie formulierte.

Seine Ideen verbreiteten sich schnell in Deutschland und Frankreich. Um 1900 erlebte die Homöopathie auch in den USA eine Blüte, aber mit Beginn der naturwissenschaftlich orientierten Medizin in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts geriet sie zunehmend in Vergessenheit. Während des Zweiten Weltkriegs wurde die Homöopathie vom nationalsozialistischen Regime in Deutschland als „Neue Deutsche Heilkunde“ wieder gefördert. Inzwischen ist sie im deutschsprachigen Raum eine der bekanntesten Heilmethoden. Ausserhalb Europas spielt die Homöopathie vor allem in Indien und in Lateinamerika eine wichtige Rolle. 

Krankheit ist nach den Vorstellungen der Homöopathen auf eine Störung oder Minderung der sogenannten „Lebenskraft“ zurückzuführen. Um eine Krankheit tatsächlich zu heilen, muss ihre Ursache und nicht nur das Symptom behandelt werden. Mit Hilfe der Homöopathie sollen die Selbstheilungskräfte des Körpers angeregt und die Lebenskraft gestärkt werden.

Die Grundlage der homöopathischen Behandlung bildet dabei das Ähnlichkeitsprinzip „Similia similibus curentur“. Danach kann eine Krankheit durch ein Arzneimittel geheilt werden, das bei einem Gesunden eine „künstliche Krankheit“ mit ähnlichen Symptomen auslöst. Diese Überprüfung des Wirkstoffeffekts an Gesunden wird als Arzneimittelprüfung bezeichnet und gilt neben dem Ähnlichkeitsprinzip als weitere Säule der Homöopathie. Die Gesamtheit aller durch eine Substanz hervorgerufenen Symptome wird als Arzneimittelbild bezeichnet. Ziel der Homöopathie ist es, die Symptome eines Patienten als Ganzes in Korrelation zu bringen mit einem Arzneimittelbild. Bei einem Gesunden entstehen zum Beispiel durch das Schneiden einer Zwiebel (Allium cepa) folgende Symptome: Tränenfluss, triefende Nase, Augenjucken, Niesreiz. Dementsprechend wird Allium cepa auch als Schnupfenmittel eingesetzt.

Die zum Teil erhebliche Giftwirkung der verwendeten Substanzen veranlasste Hahnemann, spezielle Herstellungs- und Verdünnungsvorschriften für homöopathische Arzneimittel zu entwickeln. Durch Verdünnung und Verschüttelung der Arzneimittel entwickelten diese eine stärkere, aber ungefährlichere Wirkung. Diese „Potenzierung“ oder auch „Dynamisierung“ der Substanzen wird als dritte Säule der Homöopathie angesehen und soll in den Substanzen verborgene, dynamische Heilkräfte freisetzen.